ACCUEIL

Consignes aux
auteurs et coordonnateurs
Nos règles d'éthique
Autres revues >>

Sciences des Aliments

0240-8813
parution suspendue
An international journal of food science and technology
 

 ARTICLE VOL 22/1-2 - 2002  - pp.133-142  - doi:10.3166/sda.22.133-142
TITRE
Recherche d’orthologues d’ArgR/AhrC dans le génome de bactéries à Gram positif - Mise en évidence de groupes de synténie

TITLE
Phylogenetic analysis and gene linkage of ArgR/AhrC orthologs revealed groups

RÉSUMÉ

La régulation arginine-dépendante des gènes impliqués dans le métabolisme de l’arginine est coordonnée au niveau de la transcription par un répresseur ArgR (aussi dénommé AhrC). Nous avons recherché des orthologues de ce répresseur dans les génomes complets ou en cours de séquençage d’organismes apparentés aux bactéries à Gram positif en utilisant comme références ArgR de Lactobacillus plantarum et AhrC de Bacillus subtilis. De deux à quatre copies de ces gènes sont présentes chez Staphylococcus aureus, Lactococcus lactis, Enterococcus faecalis ainsi que chez différentes espèces de streptocoques. Un arbre phylogénétique de 41 protéines ArgR-like mis en parallèle avec le contexte génétique des gènes codant ces protéines, a montré trois groupes de synténie. Le gène argR est lié à recN (15 cas) ; à des gènes du catabolisme de l’arginine (7 cas) ; à des gènes de biosynthèse de l’arginine (3 cas) et à aucun gène en particulier (autres cas). Les deux premiers groupes de synténie sont présents chez Lc. Lactis, S. aureus et chez les Streptocoques (S. thermophilus, S. equi, S. mutans, S. pyogenes et S. pneumoniae). Cette organisation conservée et les homologies des protéines ArgR au sein d’un même groupe de synténie, suggèrent que ces diverses copies jouent un rôle différent dans les bactéries.

ABSTRACT

Arginine regulates genes involved in arginine metabolism at the transcriptional level via an arginine repressor ArgR of Lactobacillus plantarum, also called AhrC in Bacillus subtilis. ArgR and AhrC were used to search for ArgR orthologs in partially- or completely- sequenced genomes. Two to four ArgR-like putative proteins (paralogs) were found in Staphylococcus aureus, Lactococcus lactis, Enterococcus faecalis and in different Streptococcus species. A phylogenetic tree with 41 ArgR-like putative proteins was constructed. When the genes surrounding the argR genes were searched, three groups of associated genes were found. In general, these groups corresponded to ArgR homology clusters in the phylogenetic tree. The argR gene was linked to recN (15 cases including L. plantarum ArgR and B. subtilis AhrC); to arc genes involved in arginine catabolism by the arginine deiminase pathway (7 cases); to arg genes encoding arginine biosynthetic enzymes (3 cases) and to no specific genes in the other cases. The first two gene linkage groups were found in Lc. Lactis, S. aureus and in Streptococcus (S. thermophilus, S. equi, S. mutans, S. pyogenes and S. pneumoniae). In E. faecalis, two out of four copies were contiguous and divergently transcribed. The fact that argR genes linked to specific genes encode homologous groups of ArgR paralogs, suggests that these sets of ArgR proteins may play different roles.

AUTEUR(S)
Françoise BRINGEL, Hervé NICOLOFF, Florence ARSÈNE-PLOETZE, Jean-Claude HUBERT

MOTS-CLÉS
argR, ahrC, recN, arginine désiminase, arginine, régulation, procaryotes, bactéries Gram positif.

KEYWORDS
argR, ahrC, recN, arginine deiminase, arginine, regulation, procaryotes, Gram-positive bacteria.

LANGUE DE L'ARTICLE
Français

 PRIX
• Abonné (hors accès direct) : 34.95 €
• Non abonné : 34.95 €
|
|
--> Tous les articles sont dans un format PDF protégé par tatouage 
   
ACCÉDER A L'ARTICLE COMPLET  (255 Ko)



Mot de passe oublié ?

ABONNEZ-VOUS !

CONTACTS
Comité de
rédaction
Conditions
générales de vente

 English version >> 
Lavoisier