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0240-8813
parution suspendue
An international journal of food science and technology
 

 ARTICLE VOL 22/1-2 - 2002  - pp.5-21  - doi:10.3166/sda.22.5-21
TITRE
Le point sur les outils moléculaires de classification et d’écologie microbienne

TITLE
Molecular approaches for microbioal classification and ecology.

RÉSUMÉ

Les approches moléculaires de la classification et de l’écologie microbienne se sont fortement développées ces vingt dernières années suite à l’apparition de la technique d’amplification de l’ADN par PCR. Dans cette revue, nous présentons le principe des techniques répertoriées dans la littérature scientifique les plus couramment utilisées en classification et en écologie bactérienne ainsi que leurs qualités et leurs limites. Certaines permettent d’aider à classer des souches individuelles dans les espèces correspondantes, d’autres permettent de détecter des espèces dans les écosystèmes complexes avec ou sans connaissance a priori des espèces présentes, d’autres enfin permettent de sonder le génome au hasard et ont ainsi une résolution suffisante pour analyser la diversité moléculaire des souches au sein d’une même espèce. Il semble évident aujourd’hui que les techniques d’analyse exhaustive et de quantification moléculaire appliquées aux écosystèmes complexes se développeront fortement ces prochaines années et ceci d’autant plus qu’elles trouvent aussi des applications dans l’analyse des multiples fonctions exprimées par ces écosystèmes.

ABSTRACT

During the past twenty years, molecular approaches largely based on PCR technologies, were developed for microbial strain classification and analysis of complex microbial ecosystem. In this review, currently used molecular approaches are presented with their fields of application and their limits. Some of them allow to classify individual strains in species, others allow to detect species with or without previous knowledge concerning the species living within the complex ecosystems. A last class is composed of techniques allowing the analysis of molecular diversity of strains within a species by randomly probing the microbial genome. It is evident today that molecular techniques which allow exhaustive or quantitative analysis of microbial communities (DNA chips, real-time PCR), will find many applications in a near future, more particularly because they can also be used to directly study, at the molecular level, microbial functions that are expressed within ecosystems.

AUTEUR(S)
Patrick TAILLIEZ, Diane BEAUD, Jean-Claude OGIER

MOTS-CLÉS
typage moléculaire, bactérie, identification, diversité moléculaire.

KEYWORDS
molecular typing method, bacteria, identification, molecular diversity.

LANGUE DE L'ARTICLE
Français

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